Num momento em que a pandemia de COVID-19 está no centro das preocupações do mundo inteiro, a capacidade de detetar eficazmente o vírus responsável pela doença torna-se crucial para estabelecer estratégias eficazes de combate. E foi com esse objetivo em mente que uma colaboração entre os investigadores João Carneiro, do Centro Interdisciplinar de Investigação Marinha e Ambiental (CIIMAR-UP), e Filipe Pereira, CEO da IDENTIFICA, startup incubada na UPTEC – Parque de Ciência e Tecnologia da Universidade do Porto, resultou na criação da CoV2ID, uma plataforma online que permite analisar as melhores ferramentas para deteção molecular do SARS-CoV-2), diminuindo a assim a possibilidade de erros.
Nas palavras de João Carneiro, investigador do CIIMAR, “a ideia surgiu pois já tínhamos trabalho validado e publicado em relação a outras doenças infeciosas provocadas por vírus (Ebola e HIV). A partir daí, decidimos aplicar o nosso conhecimento anterior relativo a avaliação de métodos de deteção molecular ao vírus SARS-CoV-2″.
Na prática, a dupla de investigadores da U.Porto procurou avaliar os métodos de deteção molecular do SARS-CoV-2 validados pela Organização Mundial de Saúde (OMS), considerando a grande diversidade genética do vírus. Esta diversidade dificulta em muito uma deteção por métodos sistematizados, gerando muitos falsos positivos e negativos.
Ferramentas mais fiéis, menos erros…
De forma a colmatar essa dificuldade, a ferramenta agora disponibilizada permite identificar ferramentas de biologia molecular, como primers e sondas de RT-qPCR entre outros oligonucleótidos (porções de cerca de 20 bases de cadeia simples) na deteção do SARS-CoV-2 baseados em zonas do genoma muito conservadas, ou seja, que praticamente não variam apesar da grande diversidade genética do vírus.
Esta avaliação permite escolher as ferramentas mais fiéis e que geram menos erros. A identificação destas ferramentas de biologia molecular é possível por análise de cerca de 1000 genomas diferentes do vírus.
A plataforma permite ainda identificar possíveis mutações no vírus que possam afetar a eficiência de ligação de primers e sondas e detetar potenciais falsos positivos resultantes da sua ligação ao genoma de outros coronavírus humanos que não o SARS-CoV-2.
…melhor diagnóstico
A base de dados permite também identificar as regiões genómicas mais conservadas do SARS-CoV-2 permitindo o desenho de novos métodos de diagnóstico, e ainda a consulta de um guia rápido para realização de testes para o SARS-CoV-2 com acesso a protocolos detalhados.
Em suma, este método de avaliação da eficiência de ligação de ferramentas de biologia molecular usados na identificação do vírus SARS-CoV-2 permitirá que os laboratórios que trabalham no diagnóstico do vírus desenhem métodos mais rigorosos, com menos falsos negativos e positivos.
A ideia é então avaliar os métodos de laboratório que funcionam melhor e que resultam em menor número de erros. “Isso significa que diminuímos a probabilidade de deixar pessoas contaminadas pensarem que não estão”, remata João Carneiro.